2009年06月14日

Amazon EC2でGROMACSを走らせてみる

GROMACSは分子動力学計算のパッケージの一つです。今回はこれをAmazon EC2で走らせてみようと思います。
初回と言うことでEC2 instanceはsmallを選び、普段使い慣れているUbuntu 9.04 (Jaunty) を使うことにします。
ログインしてみるとUSEastなのでサーバーのレスポンスはあまりよくありません。とりあえず何も考えずにいつも使っているツール群を入れます。


$ adduser shun
$ visudo
$ su shun
$ sudo aptitude update
$ sudo aptitude install build-essentials zsh screen lam-dev libfftw3-dev
$ cd ~
$ mkdir tmp; cd tmp
$ wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-4.0.5.tar.gz
$ tar xzf gromacs-4.0.5.tar.gz
$ cd gromacs-4.0.5
$ ./configure --enable-shared
$ make -j2
$ sudo make install
$ ./configure --enable-shared --enable-mpi --program-suffix=_mpi
$ make -j2 mdrun && sudo make install-mdrun
$ export PATH=/usr/local/gromacs/bin:$PATH


makeは結構重いので並列makeした方がよさげでした。
気づいた点がいくつかあります。
・VMの特性? プロセスのスケジューリングが良くない。←あとで分かったのですがこれは深刻でした。

47563 原子・Amber ff99力場のサンプルを動かしてみたところ、 0.222 ns/day ぐらいの速度になりました。
これ、遅いです。どれぐらい遅いかというとうちのPen4世代Xeon(TM) 2.80GHzの半分ぐらいです。owt。
Amazonのsmall instanceには期待しない方が良さそうです。

続きます。
posted by chun at 23:37| 日記