2009年06月14日

続:Amazon EC2でGROMACSを使ってみる

あまりに遅いのでついかっとなってHigh-cpu mid-sizeのCPUを借りてみました。
こいつは

model name : Intel(R) Xeon(R) CPU E5410 @ 2.33GHz

なので少しは期待できそうです。同じようにして1 CPU performanceを測ってみると0.656 ns/dayぐらい出ます。これはまずまず。うちの研究室でXeon 5150 @ 2.66GHz で測ってみたのがこれより8%ぐらい速いので、良い勝負をしていると思います。
しかしながら、2CPU以上のパフォーマンスがかなり悪いです。lam, mpich-shared-mem, mpich-mpdを使って測ってみたのですが、結局最速が1.154 ns / dayと非常にスケーラビリティが悪くなってしまいました。研究室のマシンで遊んだときにはほぼ2倍(場合によってはデータがすべてキャッシュに乗るので2倍超)の性能が出たので、かなり残念な結果です。理由はだいぶ謎なのですが、このへん( http://d.hatena.ne.jp/yukoba/20090210/AmazonEC2 )が関係してそうです。idle状態のスレッドが復帰しないというのがたぶん問題かなと思います。この調子だとこれ以上のCPU数を稼いでも速度は期待できんなぁという感じです。map-reduceみたいに並列タスクは完全に独立なプロセス並列で投げましょう。
posted by chun at 23:52| 日記